Afin de pouvoir lancer drush en ligne de commande dans la console de cygwin, il suffit de rajouter la ligne suivante dans le fichier path/to/drush/drush :

[[ $(uname -a) == CYGWIN* ]] && SCRIPT_PATH=$(cygpath -w -a -- "$SCRIPT_PATH")

Cette ligne est à mettre directement sous la ligne SELF_PATH=xxxxx (au début du fichier).